Az egyház és a vallásosság központi elemét képezik a műnek. A film Scorsese kommentárjával kezdődik, mely felfogható a szerző krédójaként: „A bűneidet nem a templomban teszed jóvá, hanem az utcákon és otthon, a többi baromság, ezt te is jól tudod.” Ez a tézis lényegében azt a katolikus tanítást vonja kétségbe, mely szerint ez egyház közvetítése nélkül nincs bűnbocsánat és üdvösség. Ezzel a mondattal Scorsese saját papi múltja és a katolikus dogma ellen lázad. A történetnek egyfajta szakrális teret és töltetet ad az, hogy a film San Gennario, az amerikai-olaszok egyik leginkább tisztelt szentje ünnepén játszódik. Asssisi Ferenc mellett Charlie viselkedésével a nápolyi szentet próbája követni. Charlie minden dogmatikai kétsége ellenére továbbra is az egyház vonzásában él. Papokkal filmezteti magát, keresztelőkőn vesz részt, gyakran kezd hosszas (és kissé zavaros) teológiai monológokba. Barátai is élcelődnek a fiú buzgóságán, Szent Charlesnak és a zsidók királyának nevezik őt.

A Szent Patrick katedrálisban (mely gyerekkorának és lelki életének egyik meghatározó helyszíne) felvett gyónási jelenet tovább boncolgatja a kezdőmondat jelentését. Charlie, miután a pap kirótta rá szokásos tíz Mi Atyánkat és Üdvözlégy Máriát, a következőképen elmélkedik egy Krisztus-szobor előtt térdelve: „Hát sejted, hogy mit gondolok erről a hülyeségről. Ezek a dolgok nem jelentenek nekem sokat, ezek üres szavak. Lehet, hogy ez másoknál bejön, de nálam nem működik.

Charlie nem elégszik meg a liturgikus feloldozással, a pokol kínjait akarja átélni, valódi vezeklést akar. A gyufaláng hasonlata a pokolról a film egyik kulcs motívumát képzi. A film egyik kulcsmondata ebben a vallomásban hangzik el. A hatalmasra növő gyufaláng és a végtelen megkísértése képi síkon is állandóan visszatér. Már a templomi jelenetben kezét láng felett tartja és a későbbiekben is folyamatosan játszik a tűzzel (ahogyan haladunk a tragikus végkifejlett felé, úgy a láng nagysága is fokozatosan növekszik) ügyelve arra, nehogy megégesse magát. Charlie azonban éppen saját tézisét („a végtelennel nem szórakozhatunk”) cáfolja meg azzal, hogy kettős játékot űz Istennel. Hite nem elég nem elég elmélyült és tiszta, éppen ezért veti el a bibliai tanítást: „Tudjuk azonban, hogy az embert nem a törvény szerinti tettek teszik igazzá, hanem a Jézus Krisztusba vetett hit. Ezért elfogadtuk Jézus Krisztus hitét, hogy a Krisztusba vetett hitben váljunk igazzá, nem mert tetteink megfelelnek a törvénynek, hisz a törvény szerinti tettek senkit sem tesznek igazzá.”(Gal 2,16).

Akárcsak Travis, ő is sajátos elvek mentén kialakított lelki misszióba kezd, a Krisztusi szeretet és alázat nélkül. Alvilági életmódja és tettei azonban lehetetlenné teszik számára az üdvösség egyik-másik útját és tanítását, mely szerint a jócselekedetek által is elnyerhető az örök élet. „Látjátok tehát, hogy az embert a tettek teszik igazzá, nem a hit egymagában.” (Jak 2,24). Charlie egy látszat-mártír, tipikus példánya Scorsese viviszekcióra hívott Megváltó-alteregóinak vagy önjelölt szentjeinek. Azzal, hogy egyszerre tartja érvényesnek az alvilág és az egyház törvényeit, megkísérti a végtelent (vagyis Istent) és ezért bukásra van ítélve. A megigazulásnak, mint megtérésnek, két szempontja van. A kegyelem indítására az ember Istenhez fordul és elfordul a bűntől, így bocsánatot és igazságot kap a magasságból, Charlie azonban hiába szólítja meg a főhős Istent, ha képtelen elszakadni bűneitől.

Charlie gyakran idéz Assisi Szent Ferenctől és abban a hitben él, hogy tetteivel, elsősorban unokatestvére feletti őrködése révén, őt követi. Egy séta során azonban példaképének is ellentmond, hiszen természet-felfogása „Utálom a napot, az óceánt, a tengerpartot és a füvet, a fákat” tökéletes tagadása Szent Ferenc naphimnuszának és panteista üzenetének. Miután újra a Szent Ferenc-i pózban tetszeleg, Teresa gúnyosan józanságra inti, hogy az olasz szent Charlieval ellentétben nem fogad számokra.

Ugyanilyen álszent a főhős önként vállalt passiója. Charlie hasonlóan  Travishez és a Dühöngő Bika La Mottájához a bűnbánat megszállottja. Nem elégszik meg az egyház rituális feloldásával, valódi, átélhető büntetést kér Istentől. A gyónást követő képsorok átvezetnek minket a banda állandó vörös színben úszó (a szakrális tér után a poklot szimbolizáló bűnbarlang) lokáljába, ahol Johnny Boy belépője után Charlie a fiúban Isten küldöttét és büntetését véli felfedezni. Hallgatva a Biblia szavaira: „Hordozzátok egymás terhét, így teljesítitek Krisztus törvényét.” Gal 6.2, teljes felelősséget vállal unokatestvére adósságáért és irracionális viselkedéséért, remélve ezúton, a fiún keresztül valódi megtisztuláson megy át.

Csökönyös ragaszkodása a fiúhoz azonban egyre nagyobb bajba sodorja mindkettőjüket. Charlie nem jön rá, hogy a fiú teljesen alkalmatlan arra, hogy a ”keresztfája” legyen és fokozatosan mazochizmusba csap át (ebben is hasonlít La Mottára). Charlie atyáskodása korántsem őszinte és nagyon egyoldalú, hiszen valósággal megszállja Johnny Boyt. Scorsese főhősről alkotott véleménye ennél is tovább megy: „Charlie farizeusként viselkedik, csakis önmagáért cselekszik akkor, amikor másokon segít.”

Charlie legnagyobb bűne a fent idézet álszentség mellett a büszkesége. Tisztában vele, hogy Johnny Boy adósságait csak úgy tudnák rendezni, ha pénzt kér nagybátyjától, aki viszont nem szívleli az unokatestvér családját. Charlie nem hajlandó ilyen fokú megalázkodásra, így a fennálló körülmények között folytatja kilátástalan útját a fiú mellett. Charlie passiója ”eredménytelen” saját gyengeségei miatt, de a kiválasztott célszemélyek is alkalmatlanok arra, hogy megváltást hozzanak. Johnny Boy túl ostoba, Teresa viszont túl értelmes a szerepre. A várt megtisztulás és felemelkedés végül elmarad. Michael, a fiú, akinek Johnny Boy 2000 dollárral tartozik, bérgyilkost fogad és Charlie-ék életére tör. A bérgyilkost a mű végén a rendező saját maga játssza el, aki rájuk támad, és ezután következik egy véres apokalipszis. A Little Italy kínálta választási lehetőségek közül Charlie a gengszterséget választja, de térdre bukik a végén, mintha imádkozna.

A vallással való szoros viszony ellenére Charliet nem kínozzák olyan szexuális zavarok és komplexusok, mint J.R.-t. Kapcsolatát Teresával inkább a közös életről és jövőről alkotott eltérő elképzelések mérgezik, azonban az Aljas utcákban is megfigyelhetők az erre való utalások. Példa erre az a jelenet, mikor Charlie az egyik álmát meséli el Teresának, melyben szeretkezésük után mindkettőjüket elborítja a vér.  Az aktus és vérőzön összekapcsolása, a testiség általi bűnbeesés szimbólumaként értelmezhető. A gyónást követő bárjeleneteket (bűn helyszíne) szintén egy meztelen nő plakátja és a Charlie szexuális vágyait jelentő fekete táncos testének képei vezetik be. Charliet megigézi az afro-amerikai lány, azonban minden egyes közeledését gyors visszavonulás követi részben bűntudata, részben a lappangó rasszizmusa miatt („Nem lehet, hisz fekete.”).

A nők iránti megvetés az Aljas utcák esetében is megjelenik. A férfiak szentélyébe, a  bárba, csak akkor látunk nőket, ha az valaki társaságában érkezik és azok a férfiak (szexuális) játékszereként funkcionálnak. Az olasz kultúra által dominált negyed rasszista megnyilvánulásai mindig a nők ellen irányulnak, jó példa erre Charlie és a táncosnő esete, vagy Tony-nak, a bár tulajdonosának véleménye a zsidó nőkről („Minden este más sráccal vannak, tudod, hogy megy ez náluk”). Teresa is egy fekete takarítónőre üvölt, hogy végezze a munkáját és megjegyzi, hogy a „szagukat sem bírom.”

A szexualitás vizsgálatánál ki kell térni a férfiak egymáshoz fűződő viszonyára. Georg Seeßlen már a Ki kopog az ajtómon esetében foglalkozik a Scorsese hősök látens homoszexualitásával, az erre való utalás az Aljas utcában konkrétabb, azonban Hawks filmjeihez hasonlóan a felszín alatt rejtőző homoszexualitás sosem válik explicitté. A férfiak között lévő egyenlőség (a nők a szeműkben alsóbbrendűek) valamint szoros és kitartó kapcsolatuk, elsősorban Charlie és Johnny Boy esetében megalapozhatja ezeket az értelmezéseket. Scorsese a bandatagok közötti elfojtott szexuálist egy jelenet erejéig szintén megjeleníti. A négy barát egy rendőri razzia elől menekül, amikor egy meleg pár keveredik a kocsijukba. Ahelyett, hogy egyből kidobnák őket (ahogyan egy igazi heteroszexuális machohoz ”illene”) együtt utaznak egy darabig, sőt az egyik férfi látványosan udvarolni kezd a bandatagoknak, akik ezt eleinte tűrik, majd hirtelen dühödten megválnak a párostól. A jelenetsor felfogható a főhősök saját látens homoszexualitásukkal való szembesüléseként, mely ellen később homofób kitörésükkel lázadnak.

Érdemes a film befejezését részletesebben megvizsgálni. Ahogyan már írtam, a bérgyilkos szerepét Scorsese saját magára osztotta: karakterének beceneve Shorty, s a rendezőt ugyanígy nevezték az egyetem alatt. A gyilkossági kísérlet értelmezhető múltja ördögűzéseként, valamint egykori bűnös énjével való leszámolásként. Scorsese ezzel egyértelmű ítélet hoz saját teremtményei felett, nem adja meg számukra a kegyelem és az feloldozás esélyét sem. Ebből a szempontból ez Scorsese legkegyetlenebb filmje, hiszen a véres leszámolásban kitörő Travist hőssé avanzsálja, La Mottát pedig a Dühöngő bika végén elhangzó bibliai idézet menti fel valamelyest.

A főhősök kitörési kísérlete (Charlie spirituális megtisztulásához és polgári felemelkedéséhez hasonlóan) sorra kudarcot vall. A Little Italy újabb áttörhetetlen falakat és akadályokat állít. Nincs más választásuk, mint a visszaút, folyatatni az életet az adott keretek és korlátok között. A film végével kapcsolatban az az általános vélemény, hogy a leszámolást követően a menekülők belehalnak sérüléseikbe, azonban ezt Scorsese maga cáfolja: „Nem halnak meg. Bizonyosan minden úgy folytatódik, mint ezelőtt. Tovább kell csinálniuk, ez a legszörnyűbb, ami velük történhet.”

Az Aljas utcákra úgy is tekinthetünk, mint a Ki kopog az ajtómon kibontott, érettebb változatára, sőt folytatására, hiszen tematikájában és szimbólumrendszerében sok a hasonlóság, azonban Az Aljas utcákban kezdődik el az a rendezői stílus, ami annyira jellemző a későbbi Scorsese-filmekre. Az Aljas utcákban összeáll a Scorsese-De Niro-Keitel triumvirátus, s kapcsolatuk során kialakul a Scorsese-stílus: New York-i színhely, magányos, belső démonokkal küzdő, meg nem értett emberek, extrém szín-, és zenehasználat, erőszakba torkolló katarzis, mozgó kamera, izgalmas plánváltások. A film sikerrel szerepelt a Cannes-i filmfesztiválon, általános kritikai elismerésben részesült és a rendező nevét Hollywood (sőt Európa) szerte ismerté tette.